L'arrêté d'autorisation précise le milieu dans lequel le rejet liquide est autorisé ainsi que les conditions de rejet. Les points de rejet dans le milieu naturel sont en nombre aussi réduit que possible. Les ouvrages de rejet permettent une bonne diffusion des effluents dans le milieu récepteur et une minimisation de la zone de mélange. Les dispositifs de rejet des eaux résiduaires sont aménagés de manière à réduire autant que possible la perturbation apportée au milieu récepteur, aux abords du point de rejet, en fonction de l'utilisation de l'eau à proximité immédiate, et à l'aval de celui-ci, et à ne pas gêner la navigation.
Lorsque le rejet s'effectue dans un cours d'eau, l'arrêté d'autorisation précise le nom du cours d'eau, la masse d'eau correspondante ainsi que le point kilométrique du rejet.
Sur chaque canalisation de rejet d'effluents et d'eaux de ruissellement radioactives sont prévus un point de prélèvement d'échantillons et des points de mesures (débit, température, concentration en polluant…).
Ces points sont implantés dans une section dont les caractéristiques (rectitude de la conduite à l'amont, qualité des parois, régime d'écoulement, etc.) permettent de réaliser des mesures représentatives de manière que la vitesse n'y soit pas sensiblement ralentie par des seuils ou obstacles situés à l'aval et que l'effluent soit suffisamment homogène.
Ces points sont aménagés de manière à être aisément accessibles et à permettre des interventions en toute sécurité. Toutes dispositions doivent également être prises pour faciliter l'intervention d'organismes extérieurs à la demande de l'inspection des installations classées.
L'émissaire des rejets entre l'installation et le réseau d'assainissement est visitable et comporte un dispositif de disconnexion si le système est connecté en permanence.