La commission est assistée par un secrétariat chargé de préparer et d'exécuter les décisions de la commission et du comité permanent.
Le secrétariat est dirigé par un délégué général placé auprès du délégué interministériel pour l'hébergement et l'accès au logement des personnes sans abri ou mal logés et nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du logement et du ministre de l'intérieur.
Sous l'autorité du comité permanent, le délégué général veille à la mise en œuvre des actions et programmes d'opérations approuvées par la commission interministérielle. Il anime à cet effet le réseau des correspondants départementaux prévu à l'article 5. Il prépare le bilan annuel des actions menées pour le logement des populations immigrées.