Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche dispose des services placés sous l'autorité du ministre de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche, notamment la direction générale de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle et la direction générale de la recherche et de l'innovation, ainsi que, pour les programmes relevant de la mission interministérielle « Recherche et enseignement supérieur », le Commissariat général à l'investissement.