Le Conseil supérieur de l'économie sociale et solidaire est assisté par un secrétaire général nommé par arrêté du ministre chargé de l'économie sociale et solidaire.
Le secrétaire général est chargé, sous l'autorité du délégué interministériel à l'innovation, à l'expérimentation sociale et à l'économie sociale de l'organisation des activités du conseil et de la conduite de ses travaux. Il coordonne les travaux préparatoires, les auto-saisines et les consultations. Il veille à la réalisation du rapport d'activité et autres bilans.
Il prépare l'ordre du jour du bureau du conseil et le fait approuver par la présidence. Il établit les procès-verbaux des réunions du bureau et du conseil.