Un conseil de la médaille, institué auprès du ministre de la défense, donne son avis sur les propositions d'attribution de la médaille de l'aéronautique. Sa composition et les modalités de fonctionnement sont fixées par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé des transports.
Ce conseil propose le retrait de la décoration, temporaire ou définitif, et des prérogatives qui y sont attachées, à l'encontre d'un titulaire de la médaille ayant failli à l'honneur.