Le secrétaire général gère les moyens du conseil et assiste le vice-président dans ses missions.
Il assure le secrétariat du bureau et du comité d'animation et de coordination mentionné à l'article 6, ainsi que la convocation aux assemblées générales.
Le secrétariat général est composé de collaborateurs placés sous l'autorité du secrétaire général. Il est organisé en départements.
Le département "missions" assure la gestion administrative du processus missions, de la lettre de commande jusqu'à la diffusion du rapport.
Le département "administration générale" traite des questions relatives aux ressources humaines, au budget et à la logistique.
Le département "qualité, formation et documentation" est chargé du développement des procédures qualité, de l'organisation et de la gestion de la formation continue, de la capitalisation, de la mutualisation et de la valorisation des ressources documentaires.