La direction des systèmes d'information comprend :
- la sous-direction des projets des systèmes d'information ;
- la sous-direction des infrastructures et du support utilisateurs ;
- la mission pilotage des systèmes d'information ;
- la mission modernisation technique des systèmes d'information ;
- le bureau des ressources humaines et des affaires financières ;
- le service à compétence nationale dénommé "Mission d'appui aux équipes systèmes d'information et communication", créé jusqu'au 1er juin 2018.
Le directeur est assisté d'un chef de service, adjoint au directeur. Il dispose également de chargés de missions, notamment pour :
1° Etablir les offres de services, coordonner des conventions avec l'ensemble des partenaires de la direction des systèmes d'information et coordonner la maîtrise des risques liés aux systèmes d'information ;
2° Assurer la sécurité des systèmes d'information et gérer le lien fonctionnel avec le haut fonctionnaire de défense et de sécurité ;
3° Gérer la communication.