Les modalités de fonctionnement du centre éducatif fermé reposent sur trois phases ayant pour objectif de favoriser l'évolution du mineur pendant la durée du placement.
Ces trois phases correspondent à l'accueil du mineur, à la consolidation du projet personnalisé du mineur et à la préparation à la sortie du mineur.
Sauf décision contraire du magistrat, les modalités de sorties sont subordonnées aux trois phases qui structurent le placement en centre éducatif fermé.
Le centre éducatif fermé organise la scolarité du mineur et un programme d'activités soutenu. Ces activités sont quotidiennes et encadrées de façon permanente par les agents.