Le directeur de l'établissement est nommé pour un mandat de quatre ans par arrêté du ministre chargé des douanes et du ministre chargé du budget. Ce mandat est renouvelable une fois.
Le directeur dirige l'établissement, le représente en justice et à l'égard des tiers dans tous les actes de la vie civile. A ce titre, il prend les décisions qui ne relèvent pas du conseil d'administration et détermine les instructions applicables pour la bonne gestion de l'établissement.
En particulier :
1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration ;
2° Il procède au recrutement et à la gestion des personnels contractuels ;
3° Il est chargé de l'organisation des opérations électorales et il fixe la date des scrutins ;
4° Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes ;
5° Il signe, au nom de l'établissement, les contrats, conventions, réservations et baux autres que emphytéotiques, actes d'acquisition et de vente, conformément aux modalités prévues à l'article 13 ;
6° Il signe les marchés. Pour les marchés dont le montant est inférieur à un seuil fixé en accord avec l'autorité chargée du contrôle financier, un arrêté du ministre chargé des douanes et du ministre chargé du budget peut attribuer cette compétence aux délégués territoriaux, ordonnateurs secondaires de l'établissement ;
7° Il décide des actions en justice et des transactions, conformément aux modalités prévues à l'article 13 ; il décide de l'engagement des procédures d'expulsion à la demande des délégués territoriaux ;
8° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration. Il prend, en accord avec l'autorité chargée du contrôle financier, toute décision modificative du budget, autre que celles prévues au 4° de l'article 13, et la fait ratifier par le prochain conseil d'administration, conformément au 13° de l'article 13 ;
9° Il décide des admissions en non-valeur, conformément aux modalités prévues par l'article 13 ;
10° Il préside le comité technique et le comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail.
Le directeur peut déléguer sa signature à ceux de ses collaborateurs qui exercent des fonctions de direction et aux délégués territoriaux mentionnés à l'article 18.