Le Fonds national de solidarité et de péréquation est géré par un comité de gestion présidé par le président de l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture.
Outre son président, le comité de gestion comprend quatorze membres élus par l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture en son sein lors de chaque première session ordinaire suivant le renouvellement général des chambres départementales d'agriculture :
- un membre élu parmi les représentants des chambres d'agriculture de la Guadeloupe, la Guyane, la Martinique, La Réunion et de Mayotte ;
- treize membres représentant chacun une région métropolitaine, élus parmi les représentants des chambres dont tout ou partie de la circonscription est comprise dans cette région.
Ces membres sont élus à la majorité absolue au premier tour de scrutin et à la majorité relative au second tour.
Le président de l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture peut se faire représenter par un membre de l'assemblée.
Le ministre chargé de l'agriculture participe aux réunions du comité de gestion. Il peut s'y faire représenter ou accompagner.