Le directeur général de la gendarmerie nationale dispose d'un secrétaire général du conseil de la fonction militaire de la gendarmerie nationale qui prépare et coordonne les opérations d'élection du Conseil supérieur de la fonction militaire et du tirage au sort des membres du conseil de la fonction militaire de la gendarmerie nationale, procède à l'étude préliminaire des textes inscrits à l'ordre du jour, organise les sessions du conseil de la fonction militaire de la gendarmerie nationale et en règle les débats.
Par ailleurs, le secrétaire général du conseil de la fonction militaire de la gendarmerie nationale assure la fonction de conseiller pour le dialogue social militaire auprès du directeur général de la gendarmerie nationale. Il est ainsi, pour la direction générale de la gendarmerie nationale, l'interlocuteur des associations.