Le coût des contrôles effectués par un service de l'Etat en application de l'article L. 1332-6-3 est calculé en fonction du temps nécessaire à la réalisation du contrôle et du nombre d'agents publics qui y participent. Un arrêté du Premier ministre fixe le coût d'un contrôle mobilisant un agent public pendant une journée.

Le coût des contrôles effectués par un prestataire de service est déterminé librement par les parties.