Le Premier ministre, après avis des ministres coordonnateurs des secteurs d'activités d'importance vitale concernés, notifie aux opérateurs d'importance vitale sa décision d'imposer un contrôle prévu à l'article L. 1332-6-3. Il précise les objectifs et le périmètre du contrôle et fixe le délai dans lequel le contrôle est réalisé. Il précise, en fonction de la nature des opérations à mener, si ce contrôle est effectué par l'Agence nationale de la sécurité des systèmes d'information, par un autre service de l'Etat ou par un prestataire de service qualifié. Dans ce dernier cas, l'opérateur choisit le prestataire sur la liste prévue à l'article R. 1332-41-16.

Le Premier ministre ne peut imposer à un opérateur plus d'un contrôle par année civile d'un même système d'information, sauf si les systèmes d'information de cet opérateur sont affectés par un incident de sécurité ou si des vulnérabilités ou des manquements aux règles de sécurité ont été constatés lors d'un contrôle précédent subi par l'opérateur.