Il est institué, auprès des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche, une commission nationale pour les élections des représentants des personnels et des étudiants des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel et des représentants des personnels des établissements publics de recherche au Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche. Cette commission est présidée par un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou par un représentant du ministre chargé de la recherche.
Le président désigne, sur proposition des organisations nationales représentatives des électeurs et des représentants des listes en présence, les délégués ainsi que les suppléants appelés à les remplacer en cas d'empêchement. Il désigne également les assesseurs parmi les personnels des ministères chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche ou de leurs établissements.
Le secrétariat de la commission nationale est assuré par le secrétariat général du CNESER.