Un commissaire du Gouvernement est nommé par le préfet de région auprès du conseil de la formation.
Il veille au respect de la réglementation, du règlement intérieur du conseil, de l'application des décisions prises par le conseil, de l'égalité d'accès à la formation et de l'égalité de traitement des organismes de formation. Il s'assure de la bonne utilisation des fonds et de leur affectation au compte mentionné à l'article R. 6331-63-9.
Il a accès aux documents comptables ou extra-comptables nécessaires à l'exercice de ses missions.
Il assiste aux réunions du conseil. Il reçoit quinze jours avant la réunion du conseil l'ordre du jour et l'ensemble des documents soumis à examen, notamment ceux relatifs au compte mentionné à l'article R. 6331-63-9 ainsi que le projet de procès-verbal de la réunion précédente.
Il peut formuler des observations ou des réserves sur les décisions du conseil. Il peut également, dans un délai de huit jours à compter de la date d'une délibération, en demander une nouvelle. Cette demande a un effet suspensif jusqu'à l'intervention d'une nouvelle délibération.