Lorsque le site Natura 2000 est exclusivement constitué de terrains relevant du ministère de la défense, la composition du comité de pilotage est arrêtée conjointement par le préfet et le commandant de la zone terre. Le commandant de la zone terre convoque et préside le comité de pilotage et définit les modalités de son association à l'élaboration et au suivi de la mise en oeuvre, sous son autorité, du document d'objectifs. Il le transmet pour approbation au préfet dans les deux ans de la création du comité de pilotage.