Le document d'objectifs élaboré par le comité de pilotage Natura 2000 est soumis à l'approbation du préfet du département ou du préfet coordonnateur mentionné à l'article R. 414-8 qui peut, s'il estime que le document ne permet pas d'atteindre les objectifs qui ont présidé à la création du site, demander sa modification.
Lorsque le document d'objectifs n'a pas été soumis à l'approbation du préfet dans un délai de deux ans à compter de la création du comité de pilotage ou si, dans ce délai, celui-ci n'a pas procédé aux modifications qui lui ont été demandées, le préfet arrête le document d'objectifs du site Natura 2000 après en avoir informé le comité de pilotage et avoir recueilli ses observations.
Lorsque des terrains relevant du ministère de la défense sont inclus dans le périmètre d'un site Natura 2000, l'avis du commandant de la zone terre doit être recueilli préalablement à l'approbation du document d'objectifs. Les mesures qui concernent les terrains relevant du ministère de la défense et les espaces aériens adjacents doivent obtenir son accord.
Lorsque le site Natura 2000 s'étend sur des espaces marins, l'accord du préfet maritime et celui du commandant de zone maritime sur les mesures qui concernent lesdits espaces doivent être recueillis préalablement à l'approbation du document d'objectifs.