Le secrétariat du comité prépare les travaux du comité et des commissions spécialisées, coordonne la mise en œuvre des orientations définies par le comité et en assure le suivi. Le secrétariat est assuré par le ministre chargé de la recherche et de la technologie. Ce secrétariat travaille avec une cellule de coordination comprenant deux représentants de chacun des ministres chargés de la recherche et de la technologie, de l'éducation nationale, des sports et de la santé.