Le ministre chargé des transports peut accorder des dérogations aux spécifications techniques d'interopérabilité en faveur d'un projet de sous-système nouveau ou d'un projet de renouvellement ou de réaménagement d'un sous-système existant lorsque le projet se trouve à un stade avancé de développement ou fait l'objet d'un contrat en cours d'exécution à la date de la publication de ces spécifications au Journal officiel de l'Union européenne.
Il en est de même lorsqu'à la suite d'un accident ou d'une catastrophe naturelle, les conditions de rétablissement rapide du réseau ne permettent pas économiquement ou techniquement l'application partielle ou totale des spécifications techniques d'interopérabilité correspondantes.
La demande de dérogation est adressée au ministre chargé des transports et à l'EPSF qui fait connaître son avis au ministre. Elle comprend les éléments définis à l'annexe IX de la directive 2008/57/ CE susvisée.
Lorsque le ministre chargé des transports envisage de faire droit à la demande de dérogation, la Commission européenne en est préalablement informée et le dossier lui est communiqué.
Le silence gardé pendant six mois par le ministre chargé des transports vaut décision de rejet.