Il peut être dérogé aux spécifications techniques d'interopérabilité lorsque leur application risque de compromettre la viabilité économique d'un projet.
Cette dérogation peut également être accordée lorsque le gabarit, l'écartement ou l'entraxe des voies, ou la tension électrique prévus par les spécifications techniques d'interopérabilité sont incompatibles avec les caractéristiques techniques de la ligne existante.
La demande de dérogation est adressée, lors de la phase initiale de définition du projet, au ministre chargé des transports et à l'EPSF qui fait connaître son avis au ministre dans un délai de deux mois. Elle comprend les éléments définis à l'annexe IX de la directive 2008/57/ CE susvisée.
S'il est favorable à l'octroi de la dérogation, le ministre chargé des transports transmet la demande dans un délai de trois mois à la Commission européenne. Il informe le demandeur de cette transmission ainsi que des suites que lui a données la Commission. Le silence gardé pendant six mois par le ministre chargé des transports vaut décision de rejet. En l'absence de réponse de la Commission dans les six mois suivant la transmission par le ministre de la demande de dérogation, celle-ci est réputée acceptée.