Le conseil d'administration établit son règlement intérieur et fixe le siège de l'établissement public.
Il peut créer les comités ou les commissions qu'il estime nécessaires au bon accomplissement de ses missions. Le règlement intérieur précise les conditions dans lesquelles des fonctionnaires placés sous l'autorité des ministres mentionnés à l'article 26 peuvent assister à ces comités ou commissions.
Il définit les mesures d'organisation interne prévues à l'article L. 2111-16-4 du code des transports. Ces mesures sont transmises à l'ARAF sans délai. L'autorité rend son avis dans un délai de deux mois à compter de la réception du dossier.
Tout administrateur peut se faire communiquer pour son strict usage dans le cadre de ses fonctions d'administrateur les documents internes et les informations nécessaires au bon exercice de son mandat. Les documents et les informations ainsi obtenus ont un caractère confidentiel.