SNCF Réseau est administré par un conseil d'administration composé de vingt-quatre membres comprenant, outre le président délégué du directoire de la SNCF :
- quatre représentants de l'Etat ;
- quatre personnalités choisies par l'Etat en raison de leur compétence ;
- sept personnalités choisies par la SNCF pour la représenter ;
- huit représentants des salariés.