L'indemnité due à SNCF Mobilités en application de l'article L. 2141-15 du code des transports est fixée par le directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques. Elle est égale à la valeur de reconstitution du bien, laquelle tient compte notamment :
1° Soit du prix d'acquisition du terrain de remplacement, soit de la valeur vénale du terrain cédé lorsqu'il n'y a pas lieu de procéder à l'acquisition d'un terrain de remplacement ;
2° Du coût de reconstruction des bâtiments et des installations de nature immobilière édifiés sur le terrain cédé, corrigé de la part du coût correspondant aux améliorations ou à l'accroissement de capacité qui seraient éventuellement apportés par rapport aux immeubles repris. Cette correction est modulée en fonction de l'anticipation de l'investissement qui en résulte pour SNCF Mobilités ;
3° Du coût de déplacement et de réinstallation des équipements transportables.
Si SNCF Mobilités n'accepte pas le principe de la cession, la collectivité territoriale intéressée ou le groupement de collectivités territoriales peut saisir le ministre chargé des transports. La cession peut alors être autorisée par décision conjointe des ministres chargés des transports, du domaine et de l'intérieur.