Le conseil scientifique comprend dix-sept membres ainsi répartis :
1° Le directeur général de l'établissement ou son représentant ;
2° Huit personnalités, comprenant autant de femmes que d'hommes, désignées par le ministre chargé de l'agriculture en raison de leur compétence scientifique ou professionnelle ;
3° Huit membres élus :
a) Deux représentants des professeurs et personnels assimilés ;
b) Deux représentants des maîtres de conférences et assimilés et des autres enseignants ;
c) Deux représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens ;
d) Un représentant des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe ;
e) Un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement.
Le conseil scientifique élit son président, en son sein, parmi les personnalités désignées au 2°.