Le Conservatoire national des arts et métiers est soumis au régime financier et comptable défini par les textes généraux applicables aux établissements publics nationaux à caractère administratif, et notamment les articles 14 et 25 du décret du 10 décembre 1953 et 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 ainsi que par l'article 60 de la loi du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics.
Il est en outre soumis au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935. Les attributions du contrôleur financier et les modalités de son contrôle sont définies en tant que de besoin par arrêté conjoint du ministre de l'économie et des finances et du secrétaire d'Etat aux universités.