Sur décision du Premier ministre, applicable à tout ou partie d'une ou plusieurs zones de défense et de sécurité, de mettre en œuvre les mesures de défense opérationnelle du territoire, les commandants désignés des zones concernées prennent leur commandement. Ils exercent alors les pouvoirs dévolus aux commandements supérieurs, en application de l'article L. 1221-1.
Ils mettent en œuvre les plans de défense sous l'autorité du chef d'état-major des armées, soit directement, soit par l'intermédiaire d'un commandant opérationnel.
Les commandants de zone de défense et de sécurité expriment les besoins opérationnels primordiaux dont les préfets de zone de défense et de sécurité assurent en priorité la satisfaction.
Dans les circonstances et dans les conditions prévues aux deuxième et troisième alinéas de l'article L. 1321-2, le commandement militaire peut être chargé par le Gouvernement de la responsabilité de l'ordre public et de la coordination des mesures de défense civile avec les mesures militaires de défense.