Le chef du service de préparation des systèmes futurs et d'architecture dispose d'un adjoint qui le seconde et le supplée et d'architectes de préparation des systèmes dont la nomination est décidée par le délégué général pour l'armement.
Le service de préparation des systèmes futurs et d'architecture comprend, outre des équipes à la disposition de chacun des architectes, le bureau des questions interministérielles et de sécurité, le bureau cohérence et synthèse et le bureau animation, coordination et méthode.
En outre, le service de préparation des systèmes futurs et d'architecture a autorité sur le centre d'analyse technico-opérationnelle de défense, organisme extérieur, dont les missions et l'organisation sont fixées par instruction.