Le conseil d'administration élit pour une durée de six ans, parmi les membres représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements, un président et trois vice-présidents.
Le président et les vice-présidents sont répartis de la façon suivante :
― un représentant du conseil régional ;
― un représentant d'un conseil départemental;
― un représentant d'une communauté d'agglomération chef-lieu de département ;
― un représentant d'un autre établissement public de coopération intercommunale à fiscalité propre.
Il désigne également trois membres qui, avec le président, les trois vice-présidents et un représentant de l'Etat désigné par les membres de ce collège en leur sein, constituent le bureau.
Les vice-présidents suppléent, dans l'ordre de leur élection, le président en cas d'absence ou d'empêchement.