Le conseil d'administration élit parmi ses membres, pour une durée de six ans, un président issu du collège des représentants du conseil régional et cinq vice-présidents parmi l'ensemble de ses membres.
Les vice-présidents suppléent, dans l'ordre de leur élection, le président en cas d'absence ou d'empêchement.
Le conseil d'administration désigne également trois membres qui, avec le président, les vice-présidents et un représentant de l'Etat désigné par les membres de ce collège en leur sein, constituent le bureau.
Le bureau comporte au moins deux représentants du conseil régional, deux représentants des conseils départementaux et deux représentants des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre.