Le conseil d'administration élit parmi ses membres, pour une durée de six ans, un président, issu du collège des représentants des collectivités territoriales, et un vice-président issu du collège des représentants des collectivités territoriales, des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre et des communes non membres de ces établissements.
Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement.