L'exercice de la pêche dans la zone de régulation du SIOFA, y compris à des fins expérimentales ou scientifiques, est subordonné annuellement à la délivrance d'une licence de pêche.
Pour les activités de pêche ciblant la légine australe (Dissostichus eleginoides) dans la zone de pêche établie, les armements des navires immatriculés au registre des Terres australes et antarctiques françaises (TAAF) ou au registre international français (RIF) et disposant d'une licence de pêche en vigueur dans les zones économiques exclusives des TAAF transmettent à la DPMA un formulaire de demande de licence simplifié. Ce formulaire liste, conformément aux dispositions précisées à l'annexe II, la zone de pêche, la période de pêche, la ou les espèces ciblées ainsi que les informations relatives au demandeur. Les éventuelles informations complémentaires nécessaires sont recueillies directement par la DPMA auprès de l'administration des TAAF.
Pour toutes les autres activités de pêche, considérées comme ayant un caractère exploratoire, le formulaire de demande est adressé par l'armateur, par courrier recommandé avec accusé de réception, à la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture (DPMA), ceci au plus tard deux mois avant le début de l'activité de pêche prévue par le demandeur. Le détail des informations nécessaires est fixé à l'annexe II du présent arrêté. Le dossier de demande de licence est constitué dudit formulaire ainsi que des éléments justificatifs prévus et toute autre information utile.
Les licences de pêche sont délivrées sous forme d'autorisations par la DPMA qui tient compte de l'avis des autorités scientifiques chargées de l'évaluation des stocks. Tout refus opposé à une demande de licence sera motivé et notifié au demandeur.