L'autorité qui a prononcé la saisie fixe l'endroit auquel le service qu'elle dirige met en dépôt les filets, engins, instruments de pêche prohibés en tout temps et en tous lieux ainsi que les filets, engins, matériels, équipements utilisés en plongée et en pêche sous-marines, ainsi que tous les instruments qui ont servi à pêcher en infraction. Ce dépôt peut être fait auprès d'un autre service administratif ou, à défaut, à titre onéreux aux frais du contrevenant, auprès d'une entreprise privée. Dans ce cas, une convention précise les modalités techniques et financières du dépôt, les conditions de gardiennage et les limites de la responsabilité qui en résultent.
Sauf dans le cas des filets, engins, instruments prohibés en tout temps et en tous lieux qui sont déposés jusqu'à ce que la décision judiciaire ordonnant leur destruction soit rendue, l'autorité ayant prononcé la saisie peut décider de ne mettre en dépôt que tels agrès, matériels mobiles ou pièces de machine pour lesquels elle estime cette mesure nécessaire. Elle doit alors constituer pour le surplus un gardien de la saisie dans les conditions prévues par l'article R. 943-2.
Les matières explosives ou toxiques appréhendées ou saisies sont remises à tout service spécialisé de l'Etat compétent pour les détenir, et le cas échéant les détruire. La destruction en est ordonnée par le tribunal. En cas de danger imminent, il y est procédé à la diligence de l'autorité mentionnée à l'article L. 943-2.