L'exécution des décisions et la gestion technique du Fonds national de cautionnement des achats des produits de la mer sont assurées par le directeur de FranceAgriMer, qui en rend compte au comité de direction.
Il signe les actes engageant le fonds, il prend ou fait prendre toute garantie pour le compte du fonds et représente celui-ci dans toutes les actions judiciaires ou contentieuses consécutives aux opérations engagées.
Après avis du comité de direction, il fixe le cadre des opérations susceptibles de bénéficier de l'appui du fonds ainsi que le montant des dotations apportées en caution partielle pour chaque opération.
Il veille au respect des conditions d'engagement des différentes sources d'alimentation du fonds définies à l'article D. 932-22.