La garantie du Fonds national de cautionnement des achats des produits de la mer ne peut être supérieure ni au montant des cautionnements volontaires déposés par les bénéficiaires de la garantie auprès des sociétés de cautionnement mutuel ni à 6 % du montant des achats nets réalisés par les acheteurs sociétaires à la société de cautionnement mutuel au cours de l'année précédant la demande de mise en place de la garantie ou de sa réévaluation.
En rémunération de la garantie accordée, les bénéficiaires versent au fonds une prime de garantie annuelle, conforme au coût du marché et suffisante pour assurer l'autofinancement des deux régimes dont ils dépendent.
Les autres caractéristiques de la garantie, notamment le montant maximal par catégorie d'entreprise, le plafond de couverture des créances, la durée et les conditions de son octroi, le mode de calcul des primes versées par les bénéficiaires et les risques couverts, sont fixées par arrêté des ministres chargés des pêches maritimes et de l'aquaculture marine et du budget.
Sont exclues de la garantie du fonds les entreprises en difficulté au sens des lignes directrices de la Commission européenne concernant les aides d'Etat au sauvetage et à la restructuration d'entreprises en difficulté (2004/C 244/02).