Le ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine peut décider de n'affecter qu'une partie des sous-quotas annuels de captures ou d'effort de pêche. La part des sous-quotas non affectée est versée à la réserve de quotas.
Cette réserve est utilisée soit pour permettre la réalisation d'échanges avec d'autres Etats membres de l'Union européenne, soit dans le cadre d'une interruption temporaire d'activité, soit à la suite d'une pénalité nationale pour dépassement de quota.
Sur demande motivée de l'une des organisations de producteurs ou de l'un des membres de la commission consultative de la gestion des ressources halieutiques mentionnée à l'article D. 921-5, ou sur décision du ministre rendue dans un délai de deux mois, le sous-quota non affecté et versé à la réserve nationale peut être affecté à tout moment, après avis de cette commission, aux organisations de producteurs, aux groupements de navires ou aux navires n'appartenant ni à un groupement de navires, ni à une organisation de producteurs, selon la méthode de répartition appliquée pour le stock concerné.