Les dispositions du décret n° 2006-672 du 8 juin 2006 modifié relatif à la création, à la composition et au fonctionnement de commissions administratives à caractère consultatif sont applicables au fonctionnement de la commission des cultures marines, sous réserve des dispositions suivantes :
1° La durée du mandat des membres professionnels est fixée à quatre ans ;
2° Le quorum n'est considéré comme atteint que si huit membres au moins, dont au minimum quatre représentants professionnels, sont présents.
Un arrêté du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine précise les modalités d'examen des dossiers par la commission.