Le règlement comptable et financier du comité national et des comités régionaux de la conchyliculture est défini par arrêté conjoint du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine et du ministre chargé du budget.
Les documents budgétaires prévisionnels de ces comités sont approuvés par l'autorité administrative ayant procédé à la nomination de leurs membres. Cette approbation vaut autorisation d'exécution.
Les comptes financiers de ces comités sont approuvés par l'autorité administrative ayant procédé à la nomination de leurs membres, après certification par un commissaire aux comptes et approbation par le conseil.