Pour remplir ses missions, le service de santé des armées dispose de moyens relevant directement de son autorité. Il assure le recrutement, la formation, la gestion et l'administration des militaires d'active et de réserve des corps et spécialités qui lui sont propres.
Des éléments du service sont placés, de façon permanente ou occasionnelle, au sein des armées et de la gendarmerie nationale, ainsi que dans les organismes relevant du ministre de la défense. Ils peuvent être renforcés par des moyens propres à ces formations et organismes.
Le service de santé des armées contrôle la capacité, au regard des objectifs assignés au service, de l'ensemble de ces moyens. Il assure la programmation et le suivi des effectifs qui lui sont propres et de la masse salariale correspondante.