L'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est chargée de la gestion administrative et financière de la labellisation ainsi que du secrétariat et de la préparation des réunions de la commission consultative.
Son conseil d'administration fixe, sur proposition du directeur de l'agence et après consultation de la commission mentionnée à l'article précédent, le montant de la cotisation annuelle que chaque établissement scolaire privé doit acquitter pour bénéficier du label "LabelFrancEducation". L'agence perçoit les droits afférents à la labellisation.
L'agence élabore les formulaires d'audit, participe à la mission utilisés pour les missions d'expertise dans les établissements labellisés, collecte et instruit les dossiers des établissements candidats et les présente à la commission consultative.
L'agence élabore les outils de communication du label et participe à sa promotion. Celle-ci est assurée en ligne sur les sites internet du ministère des affaires étrangères et du développement international, du ministère chargé de l'éducation nationale, de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger et de l'Institut français.
L'Institut français propose aux établissements labellisés de prendre part à l'ensemble des programmes qu'il met en place pour le soutien et la promotion de l'enseignement bilingue : formations et séminaires pour enseignants et cadres éducatifs, programmes de mobilité pour les élèves, appui à l'environnement francophone.