Le président de la commission adresse aux ministres concernés, au commissaire général à l'égalité des territoires, chargé de la coordination des fonds européens, et aux autorités de gestion, de paiement et de certification concernées, les rapports, les avis et recommandations que la commission adopte.
Les documents destinés à la Cour des comptes européenne sont transmis, par l'intermédiaire du secrétaire général des affaires européennes, au premier président de la Cour des comptes qui les communique à la Cour européenne.