Les écarts sont notifiés à l'entreprise dans les quinze jours suivant la fin de l'audit. Tout écart notifié fait l'objet d'une réponse à l'organisme certificateur et d'une mise en place d'actions correctives.
Un écart critique entraîne une décision de refus de délivrance de la certification en audit initial ou de renouvellement, à la suite du délai de mise en conformité mentionné à l'article R. 254-5 du code rural et de la pêche maritime. Il entraîne une suspension de la certification lors d'un audit de suivi. Il ne pourra être levé que par un audit documentaire ou sur site selon la nature du ou des écarts.
A compter de la date de notification d'un écart majeur, l'entreprise dispose d'un délai maximal de trente jours pour transmettre à l'organisme certificateur les éléments permettant la levée de l'écart. A défaut de ces éléments dans le délai imparti, un écart majeur est requalifié en écart critique par l'organisme certificateur. La levée des écarts majeurs peut être documentaire ou sur site selon la nature des actions correctives à conduire.
Un écart mineur doit être levé de façon documentaire ou au plus tard sur site lors de l'audit suivant. Un écart mineur non levé lors de l'audit suivant est requalifié en écart majeur par l'organisme certificateur.
A compter de la date de suspension de la certification, l'entreprise dispose de trois mois au maximum pour apporter les preuves de ses actions correctives permettant la levée des écarts ayant entraîné la suspension. A l'issue de ces trois mois et à défaut de levée de l'ensemble de ces écarts, l'organisme certificateur retire la certification.