Le Conseil national de l'enseignement supérieur et de la recherche et sa commission permanente sont convoqués par le ministre chargé de l'enseignement supérieur ou le ministre chargé de la recherche, qui fixe l'ordre du jour des sessions.
Tout membre du conseil national peut demander par écrit qu'une question soit inscrite à l'ordre du jour. La décision est prise soit par le président, soit par le conseil national à la majorité des membres présents ou représentés en séance, lorsque la demande est formulée pour la séance en cours, ou à la majorité des membres en exercice quand l'inscription est demandée pour la séance suivante.
Le président du conseil national peut, de sa propre initiative ou à la demande des membres du conseil national ou de sa commission permanente, inviter toute personne dont la présence paraît utile à participer aux séances à titre consultatif.