La commission nationale, présidée par un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ou du ministre chargé de la recherche, est composée de délégués des organisations nationales représentatives des électeurs et de délégués de chaque liste en présence ainsi que d'assesseurs désignés parmi les personnels des ministères chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche.
La régularité des élections peut être contestée par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, par le ministre chargé de la recherche ainsi que par tout électeur devant le tribunal administratif de Paris, dans le délai des huit jours francs qui suivent la publication des résultats.
Des arrêtés du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de la recherche fixent les modalités d'organisation ainsi que la date des élections des représentants des personnels et précisent la composition et les attributions de la commission nationale. Un arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur fixe les modalités d'organisation ainsi que les dates du scrutin pour la désignation des représentants des étudiants.