Le secrétariat de la Commission nationale de la coopération décentralisée et de sa commission permanente est assuré par un secrétaire général nommé par arrêté du Premier ministre. Un rapporteur général, nommé dans les mêmes conditions, est chargé d'assister ces deux instances dans leurs travaux. L'un et l'autre participent aux réunions de la Commission nationale de la coopération décentralisée et de sa commission permanente.