L'Ecole nationale supérieure maritime est administrée par un conseil d'administration présidé par un président et assisté d'un conseil scientifique et d'un conseil des études.
Elle est dirigée par un directeur général nommé pour trois ans, par décret, sur proposition du ministre chargé de la mer, après avis du conseil d'administration. Son mandat est renouvelable une fois.
Le directeur général est assisté d'un directeur général des services nommé par le ministre chargé de la mer sur proposition du directeur général.
Le directeur des études, le directeur de la recherche, les directeurs des centres et l'ensemble des chefs de service sont nommés par le directeur général après avis du conseil d'administration.
Le règlement intérieur détermine les règles de fonctionnement et d'administration des centres.