Le conseil scientifique assure la liaison entre l'enseignement et la recherche.
Il est consulté sur :
1° Les orientations des politiques de recherche, de documentation scientifique et technique, ainsi que sur la répartition des crédits de recherche ;
2° Les demandes d'accréditation ;
3° Les conventions avec les organismes de recherche, le bilan des activités de recherche des laboratoires et des actions de valorisation et de diffusion de la culture et de l'information scientifique et technique ;
Il peut émettre des vœux.
Il procède à l'évaluation pédagogique et scientifique des activités de l'établissement en s'appuyant sur des évaluations institutionnelles extérieures, françaises et internationales, notamment celle du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.
Il est composé de quinze à vingt-cinq membres désignés par le ministre chargé de la mer, après avis du ministre chargé de la recherche, en raison de leurs compétences en matière de recherche dans les disciplines de l'école.
Il comprend notamment le commissaire général au développement durable du ministère chargé de la mer ou son représentant, le directeur de la recherche ou son représentant et les directeurs de laboratoires de recherche ou leurs représentants.
Le conseil élit en son sein son président.