Les communes adressent à la délégation régionale compétente de l'Agence de services et de paiement leur demande de versement des aides du fonds au plus tard le 30 novembre de l'année scolaire au titre de laquelle elles sollicitent ces aides. Les organismes de gestion des écoles privées sous contrat adressent leur demande, au plus tard le 31 octobre de cette même année scolaire, au directeur académique des services de l'éducation nationale.
La demande adressée par la commune précise si celle-ci souhaite que les aides versées au titre des élèves scolarisés dans les classes sous contrat des écoles maternelles et élémentaires privées soient versées directement aux organismes de gestion de ces écoles. Celle adressée par les organismes de gestion des écoles privées sous contrat comporte une description de l'organisation scolaire retenue permettant d'apprécier l'éligibilité aux aides du fonds.
Pour chaque année scolaire, les aides sont versées en deux fois :
― un premier versement est effectué avant le 31 décembre : il est égal au tiers de la part forfaitaire et, le cas échéant, de la majoration forfaitaire, calculées sur la base des effectifs d'élèves constatés dans les écoles éligibles au cours de la précédente année scolaire ;
― un second versement est effectué avant le 30 juin : il correspond au solde de la part forfaitaire et, le cas échéant, de la majoration forfaitaire, calculées sur la base des effectifs d'élèves constatés dans les écoles concernées le 15 octobre de l'année scolaire en cours.