Les établissements de formation initiale assurent une formation à temps plein comportant des séquences pédagogiques dispensées dans l'établissement et sous forme de stages pratiques dans des exploitations ou entreprises des secteurs de l'agriculture, de la forêt, de l'aquaculture, de la transformation et de la commercialisation des produits agricoles, des services et de l'aménagement de l'espace agricole, rural et forestier, de la gestion de l'eau et de l'environnement.
Chaque établissement établit le projet d'établissement, dans la limite des prescriptions fixées sur le plan national en ce qui concerne les programmes, les calendriers scolaires, le recrutement et l'orientation des élèves, cette dernière procédure faisant l'objet d'un plan d'action au sein du projet ; il détermine de même les modalités et les rythmes de son fonctionnement. Des personnes extérieures à l'établissement peuvent être appelées à participer à certaines séquences pédagogiques.
Un Comité national d'expertise de l'innovation pédagogique est chargé d'accompagner les innovations pédagogiques et les expérimentations dans l'enseignement agricole.
Conformément à la mission définie au 2° de l'article L. 811-1, l'enseignement agricole doit permettre, là où le besoin existe, la connaissance et la diffusion des langues et cultures régionales.