Le secrétariat de la commission est assuré par le ministre chargé de l'environnement ou son représentant. Les membres du secrétariat assistent aux réunions de la commission.
Les membres de la commission, ainsi que toute personne qu'elle consulte, sont tenus de respecter la confidentialité des informations qu'ils sont amenés à connaître.
Lors de chaque vote, en cas de partage égal des voix, la voix du président ou, en son absence, du vice-président, est prépondérante.
La commission adopte son règlement intérieur qui est soumis à l'approbation du ministre chargé de l'environnement.