L'institut mentionné à l'article L. 812-7 est administré par un conseil d'administration, qui détermine sa politique, approuve son budget et en contrôle l'exécution. Le conseil d'administration est assisté par un conseil d'orientation stratégique et par un conseil des membres.
Le conseil d'orientation stratégique est composé de personnalités qualifiées françaises et étrangères.
Le conseil des membres réunit un représentant au moins de chacun des membres de l'Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France. Il est associé à la préparation des travaux et à la mise en œuvre des décisions du conseil d'administration. Il est consulté par le conseil d'administration préalablement à l'adoption du programme de travail et du budget de l'institut. Le conseil des membres délibère à la majorité des deux tiers lorsque des questions communes à tous les établissements membres l'imposent.
L'Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France est dirigé par un directeur, nommé par décret après avis du conseil d'administration.
Le président du conseil d'administration est élu par ce conseil parmi ses membres. Le conseil d'administration comprend des représentants de l'Etat, des représentants en nombre égal des organismes de recherche et des établissements d'enseignement supérieur membres de l'institut, des représentants des enseignants-chercheurs, enseignants, chercheurs et autres personnels exerçant leurs fonctions au sein des établissements membres et de l'institut et des représentants des étudiants qui suivent une formation dans l'un des établissements membres, ainsi que des personnalités qualifiées, celles-ci comprenant autant de femmes que d'hommes. Les représentants des enseignants-chercheurs, enseignants, chercheurs et autres personnels exerçant leurs fonctions au sein des établissements membres et de l'institut constituent au moins 20 % du total des membres siégeant au conseil d'administration.
Les ressources de l'institut comprennent les contributions des organismes et établissements qui en sont membres et toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.